1.雜菌污染  
　　１）綠霉：綠霉是平菇栽培中危害最嚴重的一種雜菌。
　　原因：培養(yǎng)料質量差；含水量高；培養(yǎng)溫度高；菌種質量差。
　　辦法：選用優(yōu)質培養(yǎng)料；含水量適宜；適溫養(yǎng)菌；選用抗逆性強、適齡的優(yōu)質菌種。出現(xiàn)綠霉后將菌袋搬到室外低溫發(fā)菌即可。
　　２）鬼傘 ：是高溫期容易大量發(fā)生的一種競爭性雜菌。
　　原因：培養(yǎng)料質量差；pH值偏低；氨氣濃度高；培養(yǎng)溫度高。
　　辦法：選用優(yōu)質培養(yǎng)料；調高pH值；減少尿素用量；發(fā)酵徹底；避免高溫危害。　　出現(xiàn)鬼傘時，應盡隔袋早將之擠爛并散堆降溫。
　　2.發(fā)酵時不升溫  
　　原因：料經(jīng)過雨淋；料太粗；料太干或太濕；堆太小。
　　辦法：料顆粒度適宜，顆粒、粉末各占50%最好；含水量適中；料堆適當加大；溫度低時覆蓋草簾。 
　　3.不發(fā)菌 
　　原因：菌種老化；氨氣濃；燒菌。
　　辦法：選用適齡優(yōu)質菌種；減少化肥用量；發(fā)酵結束后，料溫冷卻至30℃以下才能開始接種；養(yǎng)菌溫度不超過28℃。
　　4.不出菇
　　原因：菌齡偏短，未達生理成熟；無溫差或溫差小；料面太干；菌種溫型不對。
　　適時解口出菇；拉大溫差；解口后立即增加濕度。低溫種高溫下不出菇。 
　　 5.畸形菇 
　　（１）長腿菇：
　　原因：二氧化碳濃度高；品種不對路；光線太弱。
　　辦法：加強通風換氣；選擇對路品種，中溫種低溫下長成長腿菇；增加光照。
　　（２）藍（紫）色菇 ：
　　原因：一氧化碳濃度高，煤氣中毒。
　　辦法：加強通風換氣，用煤爐加熱時需安排氣筒。 
　　 6.菇蕾死亡 
　　原因：菇蕾期噴水過重；高溫高濕；通風不良；害蟲危害。
　　辦法：在菇蕾生長期嚴禁向菇上噴水；不打關門水；防止高溫悶棚，防治害蟲。 
　　總之，栽培平菇應當根據(jù)其生物學特性進行管理，要想獲得優(yōu)質高產(chǎn)，必須選用優(yōu)質菌種，培養(yǎng)料含水量不能偏高，培養(yǎng)溫度不宜偏高。