接種成活率低
　　原因：菌種過于老化或菌齡不足，尤其是母種接原種時，如遇培養(yǎng)基水分偏低，接種面水分損失嚴重時上述現象尤為明顯。
　　解決的辦法是：選用適齡優(yōu)質母種（原種），注意觀察母種（原種）菌絲走勢，了解選用菌種的生產日期及配方等，配制培養(yǎng)基時要精確把握含水量，不可急于裝瓶裝袋，裝瓶裝袋過程中也要經常測量培養(yǎng)基的水份，防止培養(yǎng)基水份不足或過量，從而造成“干袋”和“水袋”現象。
　　發(fā)菌速度緩慢
　　發(fā)菌期溫度過高、培養(yǎng)基濕度過高、裝袋過緊、母種（原種）質量差。香菇菌種制作一般于6月底7月初，發(fā)菌期正處于7-8月的高溫季節(jié)，如遇連續(xù)高溫30℃以上，香菇菌種發(fā)菌速度明顯減慢甚至停滯，這時需要采用空調降溫以促進香菇菌絲的正常生長；配制培養(yǎng)基時要精確把握含水量，不可急于裝瓶裝袋，裝瓶裝袋時要注意松緊適宜，裝得過緊影響培養(yǎng)基的透氣能力，造成缺氧而發(fā)菌緩慢；選用母種（原種）時要確保菌種質量。
　　制袋接種成活率低
　　香菇菌種接種成活率及發(fā)菌速度正常，但在使用后，制袋成活率低?？赡艿脑蛴校合愎骄N老化或菌齡不足、菌種培養(yǎng)料配方不合理、菌種裝瓶或裝袋過松、制袋過松、人為操作失誤。
　　解決的辦法：及時使用已成熟菌種（如暫時不用可冷藏10-30天），制作菌種時應選用適合的培養(yǎng)料，精確稱量各配方重量，裝瓶或裝袋不可過松，菌種過松在制袋接種時可造成菌種散碎，嚴重影響制袋時的接種成活率，制作栽培袋時不可過于松散，栽培袋過松影響接種的成活率，人為接種不熟練也影響菌種的成活率。
　　總而言之，香菇菌種制作過程中，只有對配料、裝瓶（袋）、滅菌、接種、發(fā)菌管理等環(huán)節(jié)正確把握，對含水量、裝料松緊度、發(fā)菌溫度等需要精確把握，才能生產出優(yōu)質的香菇菌種，為生產制袋打好基礎。